Czy policja już wie o sprawie? Nie potrzebnie informowałeś tę firmę (osobę prawną) o sprawie.
Sprawa VATu wyszłaby na jaw w przypadku kontroli krzyżowej u ciebie i w firmie (osobie prawnej). Sprawdza się czy są faktury u sprzedawcy i odbiorcy. Ty oryginały faktur masz, duplikatów faktur firma nie ma (bo ma je student).
Jeżeli kontroli nie byłoby do czasu przedawnienia zobowiązania podatkowego sprawa poszłaby do archiwum.
Z twojego punktu: przestań handlować ze studentem

VAT z tych faktur zakupowych odpisz "na straty" (nie pozwalają na obniżenie podatku należnego), jeżeli skarbówka już wie lub ma się dowiedzieć.