najem a VAT

Małżeństwo posiada 2 mieszkania i je wynajmuje. Jedno mieszkanie na długoterminowo, a dwa pozostałe korzystając ze strony booking. Rozliczają się na Pit 28 przychód z najmu 8,5%. Obydwoje mają działalność przez 3 miesiące w roku niezwiązaną z najmem, Zona nie jest podatnikiem VAT, mąż jest podatnikiem VAT. Mąż ma kontrolę podatkową i urząd skarbowy chce aby męża uznać iż za najem mieszkań ma zapłacić VAT. Czy jest jakieś z tego wyjście i jak się tłumaczyć ? W pit 28 przychód z najmu dzielony był na dwie osoby i co miesiąc od przychodów wpłacany podatek dochodowy.

US ma rację. Stawka VAT na usługi krótkoterminowe to 8%.
Podatnikiem VAT się jest lub nie jest bez względu na fakt prowadzenia działalności.
Mąż jest podatnikiem VAT czynnym więc powinien opodatkować wykonane usługi.
Tak samo jak w pliku JPK powinien wykazać przychód z tytułu wynajmu na cele mieszkaniowe (zwolnione).

Ponadto - jak rozliczył faktury z booking? Czy wykazał import usług?
Oprócz naliczenia VATu przysługuje mu odliczenie VATu jeżeli ma jakieś faktury związane z tym najmem krótkoterminowym (ale zapewne nie zbierał faktur).

Jeszcze można rozważyć czy ten wynajem przez booking nie spełnia definicji działalności gospodarczej (wg mnie tak).