WSA to niestety nie jest działka na której bym się znał.
Domyślam się że mogą mieć swoją tzw. instrukcję w sprawie biurowości (jest to akty prawny niższego rzędu, zwykle publikowany w Dziennikach resortowych), z którego powinno wynikać jak i gdzie rejestruje się pisma stron.
Przykładowo, w lepiej mi znanym sądownictwie powszechnym obowiązuje Zarządzenie Ministra Sprawiedliwości z dnia 12 grudnia 2003 r. w sprawie organizacji i zakresu działania sekretariatów sądowych oraz innych działów administracji sądowej, które w par. 14 stanowi m.in.
"1. Pismo wpływające do sądu znakuje się pieczęcią wpływu z oznaczeniem sądu i zamieszcza się adnotację zawierającą datę i godzinę wpływu pisma, liczbę załączników i podpis przyjmującego pismo.
2. Jeżeli załączniki stanowią złożone w oryginale papiery wartościowe (np. weksle, czeki), należy to także odnotować na piśmie, o którym mowa w ust. 1.
3. Kopertę, w której pismo nadesłano, załącza się do pisma."
Niestety nie potrafię wskazać aktu prawnego który reguluje to w WSA.